Схема экспериментов показывает, что Clostridium novyi

Блог

ДомДом / Блог / Схема экспериментов показывает, что Clostridium novyi

Apr 29, 2023

Схема экспериментов показывает, что Clostridium novyi

Том коммуникативной биологии

Биология связи, том 6, Номер статьи: 118 (2023) Цитировать эту статью

1357 Доступов

2 Альтметрика

Подробности о метриках

Хотя Clostridium novyi-NT является противораковым бактериальным препаратом, который прорастает в гипоксических опухолях и убивает раковые клетки, фактические пусковые механизмы прорастания C. novyi-NT до сих пор неизвестны. В этом исследовании мы проверяем проростки-кандидаты, используя комбинаторные экспериментальные планы, и по счастливой случайности обнаруживаем, что D-валин является мощным прорастающим веществом, индуцирующим прорастание 50% спор при концентрации 4,2 мМ. Дальнейшие исследования показали, что пять аналогов D-валина также являются проростками, а четыре из этих аналогов представляют собой энантиомерные пары. Этот стереогибкий эффект L- и D-аминокислот показывает, что прорастание спор представляет собой сложный процесс, в котором энантиомерные взаимодействия могут мешать. Это исследование также идентифицирует L-цистеин как проросток, а гипоксантин и инозин - как со-проростцы. Некоторые другие аминокислоты способствуют (L-валин, L-гистидин, L-треонин и L-аланин) или ингибируют (L-аргинин, L-глицин, L-лизин, L-триптофан) прорастание в зависимости от взаимодействия. D-аланин подавляет любое прорастание, даже в сложных питательных средах. Эта работа закладывает основу для повышения эффективности прорастания спор C. novyi-NT в опухолях.

Clostridium novyi Type A – облигатная анаэробная спорообразующая бактерия, вызывающая клостридиальный мионекроз, большую головку и некротический гепатит у овец, коз и свиней1. Примечательно, что он является причиной опухшей головы барана «Диккоп», инфекции, которая возникает через раны, нанесенные между молодыми баранами во время драк, причем смерть наступает в течение 48–72 часов2. C. novyi является более возбудителем у крупного рогатого скота, чем у людей, за исключением спорадической вспышки инфекции среди потребителей наркотиков в Шотландии, чей героин был заражен спорами C. novyi3.

C. novyi-NT, нелетальная версия бактерий дикого типа, созданная за счет ослабления альфа-токсина, в настоящее время проходит клинические испытания в качестве экспериментального терапевтического средства для лечения солидных опухолей4,5. Терапевтический потенциал C. novyi-NT обусловлен его способностью избирательно колонизировать гипоксические области (<0,5% кислорода) опухолей и оказывать локализованный цитотоксический эффект6. Хотя другие клостридии, предшествующие C. novyi-NT, были исследованы на предмет их противоопухолевого эффекта, C. novyi-NT был первым, который вводился в виде спор вместо вегетативных палочек4. Помимо относительной неиммуногенности, введение C. novyi-NT в виде спор добавляет дополнительный уровень опухолевой специфичности, поскольку прорастанию благоприятствует гипоксическая микроокружение опухоли4,6. Споры, находясь в состоянии покоя, также устойчивы к кислороду, который в противном случае убил бы их в вегетативной форме6. Хотя споры, таким образом, являются идеальной формой клостридий для лечения опухолей, мало что известно о том, что заставляет споры C. novyi-NT прорастать, кроме потребности в восстанавливающей среде. Кроме того, остается загадкой, что делает C. novyi-NT эффективным колонизатором для некоторых опухолей, но не для других7.

Наши текущие знания о бактериальных спорах и их прорастании во многом основаны на родах Bacillus и Clostridium8,9. По сути, бактерии образуют споры, когда метаболические ресурсы недостаточны, но прорастают, когда снова преобладают условия, богатые ресурсами. Способность терпеливо ждать возвращения благоприятных условий в состоянии покоя обеспечивает преимущество спорулирующих бактерий в выживании. У патогенных бактерий этот циклический процесс стимулирует патогенез, поскольку однажды доброкачественные споры заражают окружающую среду, прорастая в вегетативные формы, продуцирующие токсины10,11,12. Прорастание можно разделить на два этапа13. Первый этап начинается с взаимодействия низкомолекулярных питательных проростков со специфическими белками, называемыми рецепторами прорастания (GR). Активация ГР вызывает высвобождение одновалентных катионов (H+, K+ и Na+) и дипиколината кальция (CaDPA), а также частичную гидратацию ядра споры. На втором этапе слой коры споры гидролизуется, что приводит к расширению ядра и полной гидратации, завершая переход из состояния покоя. Впоследствии ДНК, синтез белка и ключевые метаболические пути становятся активными, что приводит к росту вегетативной формы14.

5). Once this number was filtered to the key pro-germinants, a full factorial design (Supplementary Table 2) was then used to analyze any interactions amongst them. In all experiments, germination was measured by the drop in OD600 over time. All germination positive readings were verified by loss of refractility under phase contrast microscopy. High non-physiological concentrations were first used in the germinant screens to minimize false negatives. Dose response studies were subsequently used to study the screened germinants at physiological concentrations. In this study, all germinant candidates are cataloged in Supplementary Table 3, technical terms used in the DOE graphs are defined in Supplementary Table 4, and all statistical tests performed are listed in Supplementary Table 5./p>10% (green) were identified as germinants. Significant at ****p ≤ 0.0001,***p ≤ 0.001,**p ≤ 0.01,*p ≤ 0.05, ns p > 0.05 (unpaired t-test) when compared to 4-aminobutyric acid. b Germination response of valine analogs (91.5 mM) L-2-aminobutyric acid (orange circles), D-2-aminobutyric acid (pink circles), L-norvaline (dark green circles), D-norvaline (purple circles), S-(3)-aminobutyric acid (gray circles) in the presence of the inhibitors D-cysteine and D-alanine (91.5 mM concentration). Significant at ****p ≤ 0.0001,***p ≤ 0.001,**p ≤ 0.01,*p ≤ 0.05, ns p > 0.05 (unpaired t-test) when compared to corresponding water controls. c Dose response curve for germination response at different concentrations of L-2-aminobutyric acid (orange), D-norvaline (purple) and L-cysteine (green) (normalized to germination with D-valine at the highest concentration 91.5 mM) shows potency of valine analogs similar to L-cysteine. Circles depict individual values. Solid lines depict the least squares fit regression curve. Shaded area shows the 95% confidence error bands for each amino acid fit. EC50 values are shown in the legend. d Proposed two-component signaling framework for C. novyi-NT germination. All germination data depict mean ± SD, n = 4 biologically independent samples. Germination % for all graphs are defined in Supplementary Table 4./p>99% phase bright spores. The spore concentration was adjusted to 5 × 109 CFU/ml by appropriate dilution in 1× PBS using a standard curve correlating OD600 absorbance to cell count./p>

3.0.CO;2-8" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1002%2F%28SICI%291097-0215%2819960904%2967%3A5%3C661%3A%3AAID-IJC12%3E3.0.CO%3B2-8" aria-label="Article reference 58" data-doi="10.1002/(SICI)1097-0215(19960904)67:53.0.CO;2-8"Article CAS Google Scholar /p>